Любопытную штучку нашел - любимый и всемогущий XmlBeans не понимает инструкций типа .

Бился над проблемой недолго - поискал в гугле и, ничего не найдя, сделал так:

  final DocumentBuilderFactory df = DocumentBuilderFactory.newInstance();
  df.setNamespaceAware(true);
  df.setXIncludeAware(true);
  Document xmlDocument = df.newDocumentBuilder().parse(myXml);

  MyDocument xmlbeansDoc = MyDocument.Factory.parse(xmlDocument);

Вот так - сначала парсим это jdk, который все понимает и мэржит документы, а потом передаем отпарсеный документ XmlBeans, которому, собственно, уже и делать нечего. Второй раз парсится все мгновенно - XmlBeans понимает ноды и все такое.